Эпидемическая модель SIR: как болезни распространяются и как вакцинация их останавливает

simulator beginner ~6 min
Загрузка симуляции...
Модель SIR: R0=2,5, коллективный иммунитет при 60%

При R0=2,5 и gamma=0,1 модель SIR предсказывает пик заражённости около 20% популяции и порог коллективного иммунитета 60%. Вакцинация выше этого порога предотвращает распространение эпидемии.

Формула

dS/dt = -beta * S * I / N
dI/dt = beta * S * I / N - gamma * I
dR/dt = gamma * I
R0 = beta / gamma
Herd immunity = 1 - 1/R0

Математика эпидемий

В 1927 году Кермак и Маккендрик опубликовали эпохальную статью, заложившую математический фундамент понимания распространения инфекционных заболеваний. Их модель SIR остаётся одной из важнейших рамок в эпидемиологии, разделяя любую популяцию на три группы: Восприимчивые (те, кто может заразиться), Инфицированные (больные и заразные в данный момент) и Выздоровевшие (получившие иммунитет).

Репродуктивное число R0

Самое важное число в эпидемиологии — R0, базовое репродуктивное число. Оно показывает, сколько людей в среднем заразит один инфицированный в полностью восприимчивой популяции. Скорость передачи beta и скорость выздоровления gamma вместе определяют R0 = beta/gamma. При R0 > 1 каждый случай порождает более одного нового, и эпидемия растёт. При R0 < 1 вспышка сокращается и угасает.

Коллективный иммунитет

Один из мощнейших выводов модели SIR — концепция коллективного иммунитета. Не нужно вакцинировать всех, чтобы остановить эпидемию — достаточно вакцинировать столько людей, чтобы эффективное репродуктивное число упало ниже 1. Критический порог составляет 1 - 1/R0. Для болезни с R0 = 2,5 вакцинация 60% популяции защищает всех, включая тех, кто не может быть вакцинирован.

Попробуйте сами

Регулируйте R0 и наблюдайте, как меняется форма эпидемической кривой. Затем добавьте вакцинацию и посмотрите, как пересечение порога коллективного иммунитета (показан пунктиром) полностью подавляет вспышку. Анимированная сетка точек показывает болезнь, распространяющуюся видимой волной через популяцию.

Частые вопросы

Что такое модель SIR?

Модель SIR разделяет популяцию на три компартмента: Восприимчивые (S), Инфицированные (I) и Выздоровевшие (R). Она описывает, как индивиды переходят из S в I (инфицирование) и из I в R (выздоровление) с помощью дифференциальных уравнений. Впервые формализована Кермаком и Маккендриком в 1927 году.

Что такое R0 (R-нулевое)?

R0 — базовое репродуктивное число, среднее число вторичных инфекций, вызванных одним инфицированным в полностью восприимчивой популяции. При R0 > 1 эпидемия растёт экспоненциально. При R0 < 1 она затухает. COVID-19 имел R0 примерно 2-3, корь — около 12-18.

Что такое коллективный иммунитет?

Коллективный иммунитет достигается, когда достаточная доля популяции становится иммунной (через вакцинацию или перенесённую инфекцию), так что болезнь не может эффективно распространяться. Порог составляет 1 - 1/R0. Для R0=2,5 это 60% — если 60% иммунны, даже оставшиеся 40% защищены.

Как вакцинация влияет на динамику эпидемии?

Вакцинация фактически удаляет индивидов из пула восприимчивых до начала эпидемии. Когда доля вакцинированных превышает порог коллективного иммунитета (1 - 1/R0), эффективное репродуктивное число падает ниже 1 и эпидемия не может поддерживать себя.

Источники

Встроить

<iframe src="https://homo-deus.com/lab/network-science/epidemic-spreading/embed" width="100%" height="400" frameborder="0"></iframe>
View source on GitHub